Im Steuerbuch 1275 der Diözese Konstanz wird die Pfarrei Hundersingen erstmals erwähnt. Berthold vom Stain zu Rechtenstein verkauft 1380 der Pfarrkirche „Unserer lieben Frau“ zu Hundersingen eine Hofstatt. Mit den Patronen Johannes Baptist und Evangelist wird die Kirche 1438 erwähnt.
1788 und in den folgenden Jahren wurde die Kirche „ zu Johannes Enthauptung" geweiht und umgestaltet. 1993/94 wurde der Altar der Sechzigerjahre wieder entfernt und der jetzige Altaraufsatz aus dem Fundus in Obermarchtal eingebaut. Ubbo Enninga hat den neuen Volksaltar entworfen und gefertigt. Die Außenrenovation im Jahre 1959 gab der Kirche ihr heutiges Erscheinungsbild. 2013 erfolgte eine weitere Renovierung und 2021 wurden die jetzigen Glocken eingesetzt.